home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ The Arsenal Files 6 / The Arsenal Files 6 (Arsenal Computer).ISO / health / med9603.zip / M9630713.TXT < prev    next >
Text File  |  1996-02-27  |  3KB  |  44 lines
  1.        Document 0713
  2.  DOCN  M9630713
  3.  TI    Identification of ribozymes within a ribozyme library that efficiently
  4.        cleave a long substrate RNA.
  5.  DT    9603
  6.  AU    Campbell TB; Cech TR; Howard Hughes Medical Institute, Department of
  7.        Chemistry and; Biochemistry, University of Colorado, Boulder 80309-0215,
  8.        USA.
  9.  SO    RNA. 1995 Aug;1(6):598-609. Unique Identifier : AIDSLINE MED/96079988
  10.  AB    Positions 2-6 of the substrate-binding internal guide sequence (IGS) of
  11.        the L-21 Sca I form of the Tetrahymena thermophila intron were
  12.        mutagenized to produce a GN5 IGS library. Ribozymes within the GN5
  13.        library capable of efficient cleavage of an 818-nt human
  14.        immunodeficiency virus type 1 vif-vpr RNA, at 37 degrees C, were
  15.        identified by ribozyme-catalyzed guanosine addition to the 3' cleavage
  16.        product. Three ribozymes (IGS = GGGGCU, GGCUCC, and GUGGCU) within the
  17.        GN5 library that actively cleaved the long substrate were characterized
  18.        kinetically and compared to the wild-type ribozyme (GGAGGG) and two
  19.        control ribozymes (GGAGUC and GGAGAU). The two control ribozymes have
  20.        specific sites within the long substrate, but were not identified during
  21.        screening of the library. Under single-turnover conditions, ribozymes
  22.        GGGGCU, GGCUCC, and GUGGCU cleaved the 818-nt substrate 4- to 200-fold
  23.        faster than control ribozymes. Short cognate substrates, which should be
  24.        structureless and therefore accessible to ribozyme binding, were cleaved
  25.        at similar rates by all ribozymes except GGGGCU, which showed a fourfold
  26.        rate enhancement. The rate of cleavage of long relative to short
  27.        substrate under single-turnover conditions suggests that GGCUCC and
  28.        GUGGCU were identified because of accessibility to their specific
  29.        cleavage sites within the long substrate (substrate-specific effects),
  30.        whereas GGGGCU was identified because of an enhanced rate of substrate
  31.        binding despite a less accessible site in the long substrate. Even
  32.        though screening was performed with 100-fold excess substrate (relative
  33.        to total ribozyme), the rate of multiple-turnover catalysis did not
  34.        contribute to identification of trans-cleaving ribozymes in the GN5
  35.        library.
  36.  DE    Animal  Base Sequence  Binding Sites  DNA Primers  Molecular Sequence
  37.        Data  RNA/*METABOLISM  RNA, Catalytic/*METABOLISM  RNA,
  38.        Protozoan/*METABOLISM  Substrate Specificity  Support, U.S. Gov't,
  39.        P.H.S.  Tetrahymena  JOURNAL ARTICLE
  40.  
  41.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  42.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  43.  
  44.